Στην αυλή του μεγάρου της Αρχιεπισκοπής Αθηνών, στην οδό Αγίας Φιλοθέης, βρίσκεται ο ναός του Αγίου Ανδρέα, μνημείο που σχετίζεται με την ιστορία της πόλης και τη δράση μιας από τις πιο σπουδαίες αθηναϊκές προσωπικότητες της περιόδου της Τουρκοκρατίας, της αγίας Φιλοθέης.
Ο ναός φαίνεται ότι ιδρύθηκε αρχικά στους πρώτους χριστιανικούς αιώνες. Γύρω στο 1550 ανακαινίσθηκε και έγινε καθολικό της μονής που ίδρυσε εδώ η αγία Φιλοθέη, η οποία καταγόταν από την αριστοκρατική αθηναϊκή οικογένεια των Μπενιζέλων. Αφού χήρεψε σε νεαρή ηλικία, ίδρυσε τη μονή του Αγίου Ανδρέα, που έγινε γνωστή ως «Παρθενώνας», γιατί ήταν καταφύγιο νεαρών άπορων γυναικών, οι οποίες εκπαιδεύονταν σε κάποια τέχνη χωρίς να έχουν την υποχρέωση να γίνουν μοναχές. Εκτός από τα περιποιημένα κελλιά, το συγκρότημα στέγαζε γηροκομείο, ορφανοτροφείο και νοσοκομείο και μέχρι το 1821 σωζόταν και το υπόγειο ασκητήριο της αγίας, με τον αργαλειό της, το οποίο διατηρείται κάτω από το δάπεδο του σημερινού ναού. Το 1834, με τη μεταφορά της πρωτεύουσας στην Αθήνα, ο χώρος μετατράπηκε σε στρατώνα και αργότερα πέρασε στη δικαιοδοσία του δημοσίου. Στα τέλη του 19ου αιώνα ο μητροπολίτης Αθηνών Γερμανός Καλλιγάς έκτισε εδώ το αρχιεπισκοπικό μέγαρο και τον σημερινό ναό.
Στην αρχική του μορφή το μοναστήρι είχε σχήμα Π και στο κέντρο του υπήρχε η βασιλική του Αγίου Ανδρέα. Ο σημερινός ναός είναι επίσης τρίκλιτη βασιλική και εσωτερικά ακολουθεί τον βυζαντινό ρυθμό του τετρακιόνιου ναού, δηλαδή ο ψευδότρουλός του στηρίζεται σε τέσσερις κίονες. Διακοσμείται με αγιογραφίες που έχουν συντηρηθεί το 1999 από τον Αναστάσιο Μαργαριτώφ, ενώ από τη διακόσμηση του παλαιού ναού σώζονται στο Βυζαντινό Μουσείο της Αθήνας οι εικόνες του τέμπλου, έργα του Εμμανουήλ Τζάνε του 1664, καθώς και τμήματα τοιχογραφιών. Στο ισόγειο του μεγάρου έχει αποκαλυφθεί και διατηρείται και το παλαιό πηγάδι της μονής.
